La hipersensibilidad alimentaria es una reacción indeseable, o no esperada, ante la ingesta de un determinado alimento. Aquí se incluyen las alergias clásicas (alergia alimentaria intervenida por IgE) y las llamadas intolerancias alimentarias (hipersensibilidad alimentaria no alérgica) en las que pueden estar implicados mecanismos inmunológicos, enzimáticos, tóxicos o psicológicos, entre otros. A nivel intestinal, el sistema inmune tiene que discriminar entre antígenos perjudiciales y beneficiosos.
Sin embargo, una inadecuada sensibilización hace que el organismo genere anticuerpos frente a las proteínas de los alimentos o la flora intestinal comensal, lo que podría conducir a enfermedades crónicas. Muchas personas presentan algún grado de sensibilidad ante diferentes alimentos, pero en muchos casos resulta indetectable si no se someten a un análisis específico.